Столкнувшись 2 раза с подобным фокусом решил разобраться. Все оказалось просто. Дело в том что у вашего контейнера вероятно фиксированная высота, а внутренний контейнер, для которого вы прописываете не работающий margin-top, превышает высоту родительского. Выход: прописать для родителя overflow: auto;

Если даже это не решит ваш вопрос, то направит на мысли. У меня начала появляться горизонтальная прокрутка, увеличил высоту родителя, указал фон не повторять и все.